واشارت المصلحة الى ان المياه الملوثة بجرثومة الكوليرا هي أهم سبب لتفشيها، خاصة وان نهر الليطاني خصوصًا في حوضه الأعلى لا يزال يستقبل الصرف الصحي غير المعالج والملوث بشتى أنواع الجراثيم.
حيث قامت المصلحة الوطنية لنهر الليطاني بتاريخ 9 أيلول 2024 بأخذ عينات مياه من 7 نقاط في نهر الليطاني في حوضه الأعلى لرصد أي تلوث بالكوليرا، وتم تحليل هذه العينات في مختبر المصلحة في خربة قنافار.
وبينت النتائج تلوث المياه بجرثومة الكوليرا في نقطتين هما: نقطة تجمع الصرف الصحي في شتورة ونقطة نهر الليطاني عند جسر الدلهمية، الجدير بالذكر أن هاتين النقطين سجلتا أيضًا تلوث بالكوليرا عند تفشي الوباء عام ٢٠٢٢.
وحذرت المصلحة من الوضع الحالي للنهر وطلبت توقيف كافة النشاطات التي يمكن أن تفاقم من هذا الوضع أو تؤدي إلى تفشي الوباء من جديد، حيث أنه وبمجرد وصول جرثومة الكوليرا الى المياه السطحية، فإنها سوف تنتقل وتتفشى في كافة النقاط، مما يحمل خطراً صحياً جسيماً يهدد كافة أبناء الحوض الأعلى لنهر الليطاني.